克进入胡夫金字塔，发现“鬣狗”正在这里举行仪式，想要让自己的女儿死而复生。在被击败后，“鬣狗”还蛊惑巴耶克用伊甸碎片救活卡慕，但巴耶克并没有被蛊惑。

……

而在主线任务，关于埃及艳后、凯撒的历史画卷也随着剧情的推进而一步步展开。

埃及艳后本来想和庞培联合，当庞培的舰队在登陆的时候却被托勒密和古维序者的部队伏击，全军覆没。埃及艳后克利奥帕特拉不得已决定和凯撒联合，夺回对埃及的统治权。

在巴耶克和艾雅的努力下，克利奥帕特拉成功和凯撒联合。在尼罗河之战，巴耶克和艾雅的英勇奋战让凯撒的军队取得了胜利，托勒密被鳄鱼拖入了海底。

但此时，意想不到的剧情发生了，克利奥帕特拉只是给了巴耶克和艾雅一笔钱，但凯撒却要将法老托勒密的死归罪于他们，让他们成为背锅侠。

巴耶克、艾雅、塔希拉、弗希达斯等人重新聚首，他们都认为应该继续持续战斗保护人民的自由意志，兄弟会的雏形出现了。

埃及艳后与凯撒的联姻并没有给埃及带来和平，情况反而越来越糟糕。凯撒加入了古维序者的阵营，而他的副手弗拉维乌斯，才是杀害卡慕的真正凶手。

公元前47年，巴耶克和艾雅为追查伊甸碎片回到锡瓦，发现百姓全都痛苦地倒在地，之前在最初剧情为巴耶克治伤的拉亚也没能幸免。

原来，弗拉维乌斯使用神器让整个锡瓦的人全都被控制，他们已经先一步赶往宝库。这个宝库其实是之前古维序者不惜杀死卡慕和很多无辜埃及人也要打开的那个宝库，里面蕴藏着伊甸碎片的秘密。

巴耶克和艾雅来到宝库，在这里他们看到了一个巨大的金色地球模型，而巴耶克的好朋友，留在锡瓦的霍普扎法，为了保卫宝库，已经死在了这里。

巴耶克和艾雅分头行动，巴耶克刺杀弗拉