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《神秘海域》有许多堪称“绝景”的地方，如海底、货船、拍卖会豪宅、苏格兰雪山、马达加斯加旷野、集市、海、莱伯塔尼亚、埃弗瑞的宝藏船等等。
也有很多温馨的地方，如内森的家、终章的海边小屋。
当然，如果有玩家喜欢重口味的地方，那么监狱、地下墓穴、山洞遗迹等地方也是可以拿来做主题的。