在2008-2009赛季的冬歇期，克罗斯为了取得更多的上场机会，租借到勒沃库森足球俱乐部，为期一年半。

在勒沃库森克罗斯经历了半个赛季适应期后，于2009-2010赛季大发神威，帮助勒沃库森获得德甲半程冠军。虽然因为勒沃库森后程乏力，最终只是排名联赛第四，但克罗斯还是凭借着自身出色的发挥，在2009年12月及2010年1月，连续被德国足球杂志《踢球者》评选为当月最佳球。除此之外还连续三周当选《踢球者》评选的单轮最佳，成为德甲历史上第一位荣获该项殊荣的球员。

只是克罗斯上个赛季回归拜仁慕尼黑后，并没有能够迅速成为队内主力。虽然在联赛中出场次数多达二十七次，但首发次数只有十九次，而数据方面也有所下滑，打进一球，贡献四个助攻。

而在2009-2010赛季，克罗斯效力于勒沃库森的时候，出场多达三十三次，基本上全首发，在数据方面打进九球，贡献七个助攻。