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司马德戡和宇文智及联手指挥的叛军迅速控制了城内各个路口，禁止所有人通行。察觉到情况不妙，隋炀帝长孙燕王杨倓在梁公萧钜与千牛备身宇文皛等人的保护下，从芳林门旁边的水闸处进了皇城，来到玄武门外请求立即觐见隋炀帝，结果却被裴虔通的部下迅速擒拿，堵住了嘴巴捆到了隐蔽处看押。

与此同时，虞世基也终于下定了决心，同意裴蕴的建议矫诏召城外驻军入城护驾，然而这么做已经太晚了，还没等他们把假诏书写好，骁果卫叛军就已经在元礼的接应下进入了皇城，并且迅速了各大要害咽喉。见此情景，裴蕴也只能是仰天长叹，“虞世基啊，我找你商量大事，真是找错了人啊！”虞世基全身汗出如浆，颤抖着不敢回驳。

宫城内同样有着裴虔通接应，之前对杨倓等人紧闭的玄武门对叛军大开，叛军长驱直入，裴虔通还直接给叛军带路去擒拿隋炀帝。也是到了这个时候，正在与宠妃魏氏等人饮酒的隋炀帝才终于发现情况不妙，赶紧起身西逃，同时派人去联络来护儿和独孤盛等心腹将领，命令他们率军入宫平叛。

隋炀帝的旨意不仅没能送出宫外，正在成德殿值守的独孤盛率殿内兵阻拦叛军间，还迅速被人多势众的叛军乱刀砍死。千牛独孤开远率领数百殿兵四处寻找隋炀帝，企图保护他离开宫城暂避刀兵，却因为隋炀帝自行藏匿不知所踪，还有魏氏等人故意错指隋炀帝的逃亡方向，始终寻找隋炀帝不见，导致独孤开远身边的士兵军心慌张，逐渐逃亡，最后没用叛军动手，独孤开远这支最后忠于隋炀帝的军队就自行的土崩瓦解。

司宫魏氏等人再一次出卖了隋炀帝，向叛军指出了隋炀帝真正离去的方向，以骁果卫校尉令狐行达为首的叛军士兵率先找到了隋炀帝藏身的永巷，原本隋炀帝藏身在隐蔽处令狐行达等人很难发现他，但已经彻底丧失人心的隋炀帝再遭出卖，有宫内美人指出了隋炀帝的藏身地，令狐