有他更大的野心，他引导中国军队颠覆他祖国的目的，只在借。杀人，借中国的。杀他的政敌。他并不希望祖国分裂，所以他坚持仍维持汗国的体制，而由他当可汗。他这种想法跟中国的基本政策恰恰相反，清政府当然不能接受。阿睦尔撒纳在大失所望后，决心叛离中国，他了解中国在这次远征中所以迅速成功，有赖于他政治号召的力量，他估计这力量足可以把中国驱逐出境。于是，在占领伊犁（新疆伊宁）的明年（一七五六），阿睦尔撒纳宣布独立，那些刚接受清政府加封的四部可汗，也加入这个新兴汗国的行列。中国远征军果然一败再败，准噶尔汗国的土地几乎全部光复。这使皇帝弘历大失面子，认为准噶尔人是不能用仁义感化的野蛮民族，必须严厉惩罚。

第二年（一七五七），弘历重新组成远征军，北路蒙古兵团由蒙古人成衮札布当总司令（定边左副将军）；西路满洲兵团由满族人兆惠当总司令（定边右副将军），发动夹攻，恰恰这时候可怕的恶运抓了准噶尔，天花忽然流行，准噶尔战士相继死亡，军队自行瓦解。当中国远征军进逼伊犁（新疆伊宁）时，阿睦尔撒纳束手无策，只好逃到哈萨克王国，再逃到俄国，他也染上了天花，一病而死。在中国坚决的要求下，俄国把他的尸体运到外蒙古的恰克图城（蒙古阿勒坦布拉格），交还中国。

准噶尔汗国虽然覆亡，阿睦尔撒纳虽然死掉，未死于天花的准噶尔人用游击战作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲于奔命。这更增加弘历的愤怒，他下令兆惠执行他的灭种政策。准噶尔人从此在他们的故土上消失，只剩下一个地理名词准噶尔盆地和横亘在中、俄两国边界上的准噶尔门（新疆博乐东北阿拉山口）要塞，供后人垂泪凭吊。

——一个人或一个小团体，为了尊严的理由，宁可玉破，不为瓦全，他们所作的壮烈牺牲，应受万世的崇敬。但一个国家或一个民族，应有智慧和勇气接受屈辱，瓦全还有复兴之日