功大举北伐，由长江口深入，包围南京。可是结果失败，退回厦门。那时清政府入关不久，还没有力量反击，而只采坚壁清野的战略，从南京到广州二千公里的沿海地带所有居民，全部内迁二十公里。郑成功经过北伐的大创伤之后，已不能作第二次北伐。坚壁清野复使他的军队面对着饥饿和孤立。他这才想到台湾，如果能据有台湾，粮源和兵源都可解决。

一六六一年，郑成功进攻台湾，荷兰所建筑的两大巨城之一的赤嵌城（台湾台南）陷落。另一孤城热兰遮（台南西安平城）被围九个月，荷兰军队弹尽援绝，向郑成功投降，郑成功把他们全部遣送到爪哇。

——荷兰占领台湾岛三十八年。向郑成功投降的荷兰总督揆一，已尽了他最大的努力，但他回国后，仍以失陷台湾的罪名，被判十年有期徒刑。

从一六六一年起，台湾成为中国明政府辖下的领土，而就在这一年，朱由榔被缅甸人解送给吴三桂处死。帝王政治制度的传统形式，一定要继续立一个皇帝，才是正常现象。但郑成功的态度十分暖味，迁到台湾的虽然也有其他朱姓亲王，郑成功却没有物色一个继承帝位。郑成功的封爵是延平郡王，他就以延平郡王的王府，作为最高行政机构。在法理上，这是畸形的，犹如一个国家没有中央政府，而只由一个总司令部代理中央政府。

郑成功于占领台湾的次年（一六六二）年逝世，他的儿子郑经继承王位，曾向清政府提出和解，要求清政府承认台湾是一独立王国，允许台湾像朝鲜、安南（越南）、琉球一样，不剃发也不改换服装，只向清政府称臣进贡，永远作为中国的藩属，清政府表示同意。但郑经不自量力的又要求保留海峡对岸福建省的厦门，作为贸易的据点，清政府大起反感，谈判破裂。在三藩战役时，郑经跟三藩之一的耿精忠结盟，曾派遣军队到福建省和广东省参战。三藩失败后，郑经在大陆上的根据地，全部丧失，这时他终于承认