朱由崧的首都设在南京，他当了皇帝后第一道命令，就是征集宫女，第二道命令就是命各地方官员进贡春药秘方。被贬窜的阉党巨头之一的阮大钺，被召回政府任职，跟实力派宰相马土英结合成一条阵线。当初阉党被排除时，称为“逆案”，现在二人用“顺案”作为反击，凡从顺政府辖区逃出来的人，轻易的都被扣上“通匪有据”的帽子，大肆杀戮。这个乌烟瘴气的小朝廷只维持了十三个月，北京陷落后的明年（一六四五），清军攻破南京，把朱由崧捉住，送到北京砍头。

第二位是皇族血统较为疏远的朱聿键王，南京陷落后，他辗转逃至福建福州，受到福建兵团司令官（福建总兵）郑芝龙的拥戴，继承朱由崧的帝位。可是郑艺龙只是把朱聿键当作筹码，并不打算效忠明王朝。他同蜂涌南下的清军秘密联络，把北境要塞仙霞关（浙江江山南）的守卫撤除，满洲兵团大摇大摆开进来。朱聿键在逃走途中被俘，押回福州处斩。

第三位是朱由崧的堂兄朱由榔亲王，福州陷落后，他在肇庆（广东肇庆）即位，随后就跟张献忠之类的流寇一样，被清军追逐，在西南地区诸省，不停地狼狈逃亡，对清政府统治全中国的安定局面，已不能发生影响。他就在这种被忽视的状态下，支持了十六年。六十年代一六六一年，朱由榔在中国已无立足之地，只好逃入缅甸王国，搭建草屋，在边界蛮荒地区，跟土人杂居。但缅甸无法抗拒清政府的压力，便把朱由榔交给坐镇云南昆明的吴三桂，吴三桂把他绞死。这个使人作呕的明王朝，建立二百九十四年，到此灭亡。

——跟明王朝同时结束的，还有漫长的第三次宦官时代。朱由榔十六年颠沛流离的小朝廷中，宦官当权的传统没有改变。最后一位宦官巨头是司礼太监马吉翔，他在破草屋里的金銮殿上，对忠心耿耿、追随正统政府流亡的官员，仍不断地呵责叫骂和施用廷杖酷刑，好像仍在北京一样。朱由榔被擒送回中国之前，缅甸