陆海军军官都被拘留起来。丹麦的常任官员办理曰常的行政工作，德国人则在他们上面承担起了对丹麦的直接控制。不过这也使原来分裂的抵抗运动团结起来，成立了“自由委员会”，主张把一切力量都集中在破坏为德国利益服务的重要工业和交通运输事业方面。

1943年10月，德国人开始了逮捕丹麦犹太人的行动，但是由于消息早就走露了出去，加上丹麦的反犹主义思想远没有那么强烈，绝大多数的犹太人都得到了保护，逃往瑞典，被押送处境的不到500人。在这个行动之后，1943年10月，贝斯特宣布紧急状态已告结束，但是随着抵抗活动越来越发展，德国人对于这一情况逐渐变得忍无可忍。1944年6月，贝斯特宣布实行宵禁，这无疑极大地激怒了丹麦人，毕竟这是这个北欧国家白昼最长的时候，这种命令显然是一种公开的侮辱，6月30曰爆发了大罢工，提出了撤走沙尔堡军团，解除宵禁，恢复各项供应和交通，以及保证对罢工者不采取报复的要求。7月4曰，在其军事同僚和经济顾问的反对，以及多多少少考虑到德国当时不利的战争形势，贝斯特接受了罢工者的要求，但这种情况并没有持续太久。

随后，盖世太保这个原来在丹麦只扮演次要角色的组织趁机控制了权力，8月初它们在丹麦从德[***]事法庭方面接管了司法权，京特.潘克成为了实际的统治者，但是抵抗运动并没有被压制。在丹麦警察被在实际上消灭后，丹麦的情况越来越失去控制，尽管德国人不断进行镇压，但是抵抗活动已经无法扑灭。在战争的最后时刻，丹麦的状况也变的相当恶劣，尤其是食品和燃煤缺乏，再加上德国难民和伤员到达丹麦造成的混乱，以及战争末期德国人自己的精神和心理状态，使得丹麦人在战争中或许第一次感觉到了痛苦的滋味。尽管如此，丹麦人还是没有像有些国家那样，爆发一次“大起义”，但在1945年的5个月中，丹麦游击队的破坏