年前，撒加邪恶的人格诱惑下，偷袭杀死了前任教皇史昂，戴上史昂的面具，冒充教皇在圣域发号施令。整个圣域，经过撒加多年经营，已经彻底巩固了权势。哪怕是众多的黄金圣斗士，也是要么效忠撒加，要么也是睁一眼闭一眼，默认撒加的教皇身份。

作为双子座的黄金圣斗士，撒加拥有双重人格。善良的人格指引他拯救女神，而邪恶的人格指引他杀死女神。当五小强全部赶到了现场，车轮战对撒加，但是实力差距使得他们根本阻止不了撒加去杀女神。

不过，在撒加向雅典娜挥出可怕的一拳时，善良的人格觉醒，为了赎罪。撒加以自我了断的方式，结束了圣域的内战。

解决了圣域内战之后，世界并没有恢复平静，圣斗士们又迎来了其他的神灵势力的挑战。

北欧亚斯格特之神奥丁地上的代言人希露达受到一枚黄金魔戒的诱惑，从善良少女，变成妄图称霸世界的女王，她召唤了7大神斗士，并向圣域挑战。星矢等人击败了神斗士，希露达清醒过来。真相大白，原来是海皇波塞冬利用魔戒催眠了希露达。

而在圣斗士陷入与北欧神斗士的战斗中，波塞冬却是乘机将雅典娜掳走。

原来是海皇波塞冬想要淹没大地，毁灭人类，让海洋生物统治世界。波塞冬与雅典娜谈判，希望与她合作统一世界。雅典娜拒绝，波塞冬大怒，准备将雅典娜作为祭品杀害。5小强闯入海界，再次艰苦的战胜7位海将军，击破7座大黑柱，拯救了雅典娜。

接下来，不断有冥王哈迪斯、太阳神阿波罗的复活，都是妄图消灭人类，创造一个全新的属于神的世界。但是在圣斗士的强大战斗力之下，这些众神的阴谋，纷纷被遏制。

最后的《圣斗士》的天界篇，月神阿尔特密斯警告雅典娜和圣斗士们违背了天界众神的意志，所以将会遭到天界众神的惩罚。

为了阻止阿尔特密斯杀雅典