本藩便直接暴露在了幕府军的兵锋之下，叛军因为在人吉城损失惨重，所以在溃退到熊本藩休整的时候，也没有太多的余力能够阻挡幕府军的进攻。
以新军和联邦海军陆战队为主要作战力量的幕府军顺利攻破熊本藩多个城池还顺势灭掉了几个熊本藩的支藩，使得熊本藩政顿时岌岌可危。
熊本藩藩主细川齐兹为此忧心劳神。