为盛行，虽然元顺帝崇尚喇嘛教的国师，修炼双修之法，喇嘛教彻底壮大，短短十几年在中原四处都是喇嘛，朱元璋对喇嘛没多大的好感，加上这些喇嘛人数众多，修建禅院，占用地不少，他早与洪武有鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持汉地传统的佛教各宗派，因此喇嘛教在内地渐衰，而禅、净、律、天台、贤首诸宗逐渐恢复发展。他早年出身于僧侣，对于佛教有意加以整顿。洪武元年即在南京天界寺设立善世院，命僧慧昙管领佛教，又置统领、副统领、赞教、纪化等员，以掌全国名山大刹住持的任免。这样一番整顿，固然弱化了喇嘛教，可中原禅、净、律、天台、贤首诸宗却是大肆发展，当时他鉴于自己在皇觉寺的遭遇，对这些僧人，与洪武三年集各地僧耆，规定寺院为禅、讲、教（包括依瑜伽教修行及应赴佛事等）三类，要求僧众分别专业。随后又召集江南名僧至南京，启建“广荐法会”及点校藏经，进行刻版。对于僧人普给度牒，废除过去计僧卖牒的免丁钱，并命各地沙门讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经。如此的优待，除了南北朝的梁武帝之外，就是大周皇帝武则天了，可他没想到他优待，换来的僧侣的无限扩大。

洪武初年，国家初定，江南之地，除了江浙一带之外，其余行身并不富庶，百姓的日子并不好过，朱元璋采纳朝臣建议废除过去计僧卖牒的免丁钱，这样一些穷苦百姓，为了逃脱税收，纷纷入了寺庙，而度牒免费发放，如此一来有牒僧道既大量增加，寺观自然随之而增，仅仅四五年的时间，京城内外的官立寺观，多至六百三十九所。后来继续增建，以致紫金山，鸡笼山、鸡鸣山等处，寺庙如雨后春笋，相望不绝。自古佛寺之多，未有过于此时者，这些寺庙也都有相当多的土地，引起不少地方的不满！

朱元璋放下奏折，一直没有舒展的眉头，更加紧凑了几分，他从小在皇觉寺长大，后来参加义军，依靠的也是明教，白莲教，对于这些