久下来以后，皇帝也就丧失了直接指派阁臣而被百官信任的权力，被直接指派的官员往往都会被同僚歧视排挤，皇帝直接失去了一张可以直接打的牌。

尽管这样的内阁制度避免了独裁之臣出现的几率，选任制度相对来说比较公开，但皇权却没有之前那么大了。

加上廷推的存在需要拉票，因此这样的制度逐渐演变成朋党的倾轧的摇篮

阁臣想握权，一方面得交结内监，另方面则又要倾轧同列的大学士，遂演成朋党之祸。

如严嵩任首辅，威权极崇，但却为阁僚徐阶所倾倒。

张居正任首辅，也因内结司礼监冯保方能遂意，结成朋党，方可行使权力，但在革弊振衰时，仍不免受言官攻击，被指责为揽权专断的权臣，甚至祸发身后，被夺爵抄家。

明代朋党倾轧激烈，实与内阁制度名实不符的矛盾看密切关系，让阁臣不得不成为一个善舞长袖的人游走各党派之间。

这样的制度很难选上有能力的人，像孙传庭、金铉这样的人，如果不是朱由检大力支持，估计一辈子都很难坐上阁臣之位，因此朱慈燃对内阁的改制就是职权分明。

自九月初一开始，内阁与六部被剥分，内阁大学士被永定为七人，分别是中极殿大学士洪承畴、文渊阁大学士金铉、武英殿大学士孙传庭、建极殿大学士李长庚、东阁大学士周延儒、文楼大学士温体仁、武楼大学士杨文岳。

六部尚书被重新任命为吏部尚书范景文、礼部尚书徐霞客、兵部尚书卢象升、户部尚书沈廷扬、刑部尚书陈奇瑜、工部尚书孙元化。

也就是说，六部和内阁剥离开来，另外传统的廷推制度也被改变。

七位阁臣虽然还是由官员们廷推选拔，但决定权在皇帝，并且官员们只能廷推阁臣，首辅则是由皇帝委任。

另外，内阁分为五年考核一次，能者上，弱者下。

在职级上，内阁节制六部，同时总揽国家政务。