兵是完成圣祖未竟的事业。雍正照例走走形式，让大家讨论一下该不该用兵，尽管反对意见很多，但只是个过场。

三月，雍正下令两路大军同时出发，讨伐准噶尔，北路由靖边大将军傅尔丹率领，屯兵阿尔泰山，西路由宁远大将军岳钟琪率领，双方会师后攻打伊犁。

噶尔丹策零听说岳钟琪率军两万出哈密，派出使者来到岳钟琪的军营，使者告诉岳钟琪，罗卜藏丹津密谋杀害噶尔丹策零，阴谋未遂被抓，噶尔丹策零准备把他献给清朝。噶尔丹策零的意思很明显，希望雍正不要发兵，自己会跟清廷好好合作的。

岳钟琪将这个情报告诉了雍正，并声称自己怀疑噶尔丹策零的诚意。雍正想了想，让两大将军暂停行军，并召他们回京，面授方略。然后，雍正给噶尔丹策零发了一个谕令，让他请求封号，并将他所有的部下都编旗分佐领。

雍正的谕令毫无疑问让噶尔丹策零非常恼火，正好，岳钟琪回京了，噶尔丹策零率军两万袭击了科舍图的清军，来个先下手为强。岳钟琪和傅尔丹回京后，提督纪成斌和副将军巴赛分别暂时代管他们的将军印。科舍图距离纪成斌的大营比较远，纪成斌完全没有料到噶尔丹策零会来这一手，噶尔丹策零乘虚进入科舍图牧场大肆劫掠，总兵樊廷、副将冶大雄率军两万赶来救援，后来，张元佐总兵也赶过来救援。激战了七天七夜，总算夺回了大部分的骆驼和马匹。

雍正嘉奖了樊廷等人，将纪成斌降为副将，并让北路军的副将查弼纳赶过来支援西路军。科舍图的失利应该说是雍正决策的失误，他误信噶尔丹策零之言，将主帅召回，导致军机延误。但雍正却责怪岳钟琪，甚至怀疑他搞鬼。九年二月，岳钟琪奏议军机事宜十六条，雍正却说他的奏折无一可取之处。后来，又派人监视岳钟琪，时常责备岳钟琪，说他带着两万九千人马，一味防守，不知御敌，调度无方。五月，雍正任命石云倬为西路军副将