四月，雍正让年羹尧交出抚远大将军印，并调离陕西，前往杭州担任将军，年羹尧写了个折子谢恩，雍正的批复非常有意思，翻译一下大概是：“我听到有谣言说，三江口会出皇帝，嘉湖会变成战场。现在我让你在这里做官，而且你之前的奏折中也谈到浙江省天象之类的，如果你真想自称为帝，这也是天意，我也无法挽回；如果你不肯自立为帝，统领几千兵在这里，你也不会容忍三江口有人称帝……我的心实在寒透了，上天在上，我如果负你，天诛地灭，你若负我，不知上天会如何惩罚你……”

年羹尧到了杭州后，立刻受到了严密的监视，当时有人劝雍正不要对年羹尧惩治过严，担心激起年羹尧的叛变。雍正对此毫不理会，认为是浅陋之见，确实，朝政经过雍正的铁手调整，已经没有人有资本可以和雍正抗衡了。

墙倒众人推，到了杭州后，官员们纷纷揭发年羹尧，年羹尧俨然变成了肉靶子。雍正是一个非常特别的皇帝，他把那些揭发年羹尧的奏折全部发给年羹尧，要他回奏。六月，年羹尧的儿子们全部革职发配，老部下也纷纷被株连。

七月，九卿奏请将年羹尧就地正法，雍正没有这么做，而是革去年的将军之职，以闲散章京的身份安置在杭州。此时，年羹尧如同一头待宰羔羊。

雍正在处死年羹尧的过程中充分地展现了谨慎的一面，考虑到年羹尧是本朝功臣，诛杀他必须动用强大的舆论力量，给世人一种感觉，不是我雍正想他死，而是大家希望他死。

雍正召集各地地方大员，让大家自由发表意见，应该如何处置年羹尧。大家都是聪明人，急着表功。广西巡抚李绂就说：“年羹尧阴谋叵测，狂妄无礼，擅权已久，大逆不道，法理难容……”田文镜也说应该处死。

九月，雍正下令逮捕年羹尧。又用了三个月罗列了年羹尧九十二大罪，为了表示宽大，雍正勒令年羹尧自裁，父亲和兄弟革职，