赵申乔在康熙五十年参劾戴名世，但是最后的终审是在康熙五十二年，前后持续一年半的时间。康熙一开始对南山案是慎重的，他说道：“戴名世等是个大案子，朕要仔细考虑。”

此案拖了很长时间，中途似乎有很多转机，因为案犯都是朝廷命官，所以在狱中受的待遇不算差，他们住在比较好的房子里，可以和外面书信往来。李光地曾经为他们说情，可惜没有多大的效果，反而惹怒了康熙。由于朝廷中有许多人求情和营救，案犯们并没有感觉死到临头，像重要嫌犯刘岩和方苞中途还出狱做官。

康熙五十二年（1713年）二月初六，康熙下旨：“戴名世从宽免凌迟，立即处斩，方登峰兄弟等人从宽免死，发配黑龙江。案件牵连的家属本应处死的全部流放……”

戴名世在狱中非常后悔，因为写文章时不小心用了几个词语就招致杀身之祸，确实很冤。但在狱中有段时间，他又抱着希望，认为自己可以获救，他在诗中写道：“长系年余身尚在，尧仁千古仰宽容。”

当然，戴名世最后还是难逃一死，不过康熙还是给予了一些仁慈，他的儿子没有被追究，也没有被发配，而是回到原籍。戴名世被斩首后，允许其友人收拾他的尸骨，葬在南山。

在这个案子中还出现了一个误判，这是关于方氏家族的。

赵申乔参劾戴名世根本没想到会连累到方孝标。康熙认为方孝标参与了吴三桂谋反，其实事情不是这样的。方孝标确实曾在云南游历，当时正逢吴三桂造反，不过方孝标并没有成为吴三桂幕僚，如果说有的话，也只是短暂的接触。方孝标很可能建议吴三桂立崇祯后裔，吴三桂拒绝后，方孝标就离开了。

康熙说方孝标当过吴三桂的大吏，显然是弄错了。康熙说的人是方光琛的儿子方学诗，吴三桂失败后，方光琛家人大多被杀，只有方学诗逃出在外。方学诗跟方学士是重音，大臣都叫方孝标