睿皇帝的圣谕，这顶帽子太大，本难指驳，而卞宝第驳得十分痛快，他说仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。轻轻一语，就把他那顶大帽子卸掉，然后又说：道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁隽藻当军机大臣，没有听见他说什么话，“何独于何桂清护惜若此？”这个奏折一发抄，时论大快。

不过，何桂清生死之机，最后决于一个人，就是曾国藩。

当时京卿中有个李棠阶，河南人，跟倭仁、曾国藩都是当年做京官时讲理学的朋友，慈安太后听文宗生前提到过这个人，所以特旨内召，任用为太常寺正卿，当浮议嚣张时，李棠阶上一个密折，说是：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”这是撇开刑律及何桂清个人的祸福，以大局军务为着眼点，东南军事在着着进展之时，自然不能做出打击士气的事情来，所以，连慈禧太后看了这个奏折以后，态度也迅速地转变了。

何桂清这一案的关键，本在他为何由常州脱逃？如果这一点能有所辩解，则可以不死，所以刑部审问时，他提出一份薛焕等人所具的公禀，请他退到苏州，以保饷源重地，证明他本心并不打算弃地。事过境迁，当时是否有必要退至苏州？是非无从判断，同时这张公禀，究竟真的出于当时，还是事后补具，以为卸责的余地，亦无从查究，因而朝廷特意降旨，命现任两江总督曾国藩查核具奏。

曾国藩身在两江，疮痍遍地，目击心伤，而且他带着兵负破敌的全责，亦不能不为士气着想，因此，一向不大肯说题外之话的他，覆奏措词，如老吏断狱，犀利无比。

曾国藩的覆奏是这样说：“督抚权尊，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究，疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹罪状，不必以公禀有无为权衡。”