之前，张之万和魁玉会衔的奏折到了，说张文祥挟仇“乘间刺害总督大员，并无主使之人”，同时定拟罪名，凌迟处死。消息一传，舆论大哗，给事中刘秉厚、太常寺少卿王家璧纷纷上奏，认为审问结果，不甚明确，要求另派大臣，严究其事。

不但舆论不满，两宫太后及朝中大臣，亦无不觉得封疆大吏死得不明不白，不但有伤国体，而且此风一开，中外大员心存顾忌，会不敢放手办事，否则就可能成为马新贻第二。同时就照魁玉和张之万的奏报来说，前面说张文祥怀恨在心，又以在逃海盗龙启沄等人，指使他为同伙报仇，因而混进督署行刺，“再三质讯，矢口不移”，后面却又说：“其供无另有主使各情，尚属可信”，由“尚属”二字，可见魁玉和张之万并未追出实情，所以无论从那方面来看，这一案不能就此了结。

还要严办的宗旨是大家都同意了的，如何办法？却有不同的主张。有人以为应该撇开曾国藩，另派钦差查办；有人以为曾国藩在两江总督以外，还有大学士的身分，此案应归他主持。两宫太后召见军机，仔细商量结果，决定兼筹并顾。一方面尊重曾国藩的地位，一方面另派大员到江宁，重新开审。同时为昭大公起见，决定用明发上谕：

“马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大！张文祥所供挟恨各节，暨龙启沄等指使情事，恐尚有不尽不实；若遽照魁玉等所拟，即正典刑，不足以成信谳，前已有旨，令曾国藩于抵任后，会同严讯，务得确情；着再派郑敦谨驰驿前往江宁，会同曾国藩将全案人证，详细研鞫，究出实在情形，从严惩办，以伸国法。随带司员，着一并驰驿。”

郑敦谨是刑部尚书，湖南长沙人。道光十五年乙未科的翰林，这一榜是名榜，人才济济，在咸丰初年，红极一时。郑敦谨的官运却不算太好，翰林散馆，当了刑部主事，外放以后，一直调来调去当藩司，但颇有政绩。直到同治改元，才内调为京堂，