文祥相约，希望文祥多关注各地的军务，他要把全副精力投注在洋务上。

同文馆的事是不碍了，另一项“船政”却还有麻烦。在福州马尾山麓，沿江设厂造轮船，原是左宗棠的创议，未及开办，左宗棠调督陕甘，上奏荐贤，说非丁忧在籍的沈葆桢不能胜任，沈葆桢诚然是人才，但说非他不可，则是左宗棠的私意。左、沈二人都与曾国藩不和，而沈葆桢在江西巡抚任内，生擒洪福瑱，给了左宗棠一个足以攻击曾国藩的口实，以此渊源，最喜闹意气的左宗棠，才力保沈葆桢当“总理船政大臣”。

但是，沈葆桢虽用公款结交御史和同乡京官，他本人却象继阎敬铭为山东巡抚的丁宝桢一样，以清操为人所称，因此与新任闽浙总督吴棠，气味不投。船政大臣衙门，每月有五万两银子的经费，而且指定由关税拨付，是最靠得住的来源。一切造船器材，甚至燃煤，都自外洋采办，如果浮报价款，连查都没处去查的。吴棠看准了这是个“利薮”，却苦于沈葆桢不让他染指，而船厂的提调是福建藩司，为吴棠的属下，他拿沈葆桢没奈何，迁怒到藩司头上，必欲去之而后快。沈葆桢自然不让，他也是可以专折奏事的，于是上疏力争。这样，吴、沈冲突的形迹就非常显然了。

慈禧太后为此又生苦恼。她当然要回护吴棠，但也决不能说沈葆桢不对，刚刚接事，何来功过可言？所以朝廷只能以调人的立场，劝他们“和衷商办”。

这时吴棠已另有打算，他认为福建地方太苦，还要受沈葆桢的气，竟还不如当漕运总督。因此托安德海进言，活动调任。他念念不忘的是两广总督，而恰好两广总督瑞麟参劾左宗棠所保的广东巡抚蒋益澧，“任性妄为，劣迹彰著，署理藩司郭祥瑞，朋比迎合，相率欺蒙”，于是慈禧太后趁此机会，先把吴棠调离福建，命他“驰赴广东，秉公查办”。

督抚同城，往往不和，若有彼此参揭的情事，总是由京里特派大臣