朱永兴除了温言抚慰外，又秘密地支援了些武器盔甲，并给各土司派出了明军教官。以训练各土司手下的土兵。这些土司在历史上亦曾参加过以沐神保为号召的抗清起义，只是形势的改变，使他们更早地汇聚在朱永兴旗下，有可能提前发动一场声势更壮阔的反清运动。

这些暗中准备，伺机而动的土司，在朱永兴看来。突然暴发的话会让清军措手不及，疲于应付。如果得到明军的相助，并且统一指挥的话，杀伤力会更大。只是现在，似乎还不是最好的时机。所以，朱永兴才把他们作为暗势，一切的联络和准备。都是秘密进行。

作为能够就近指挥的元江小参部，则更名为滇南战区指挥部，又增添了叙国公马惟兴作为吴子圣的副手，以及总兵陈盛、许名臣、高应凤等将领，共辖兵两万五千。防区则向上游扩至腰街，下游延伸至元阳。

设立战区，是朱永兴根据当时的通讯条件，所对之敌。以及战情，所作出的军事调整。目前只有滇西战区和滇南战区两个，主要是为了就近指挥，快速应变，而不必事事请示，以致殆误战机。

遥控指挥是很容易出问题的，只有身处战场。才能得出直观、正确的判断。朱永兴不想犯这样的错误，所以他只是利用自己的一些先知先觉，在战略上进行筹划，给将领们指出大致的行动方向。在滇西。他是这么做的；在滇南，他还是要遵循这个原则。

朱永兴与滇南战区指挥部的将领们进行了连日的研讨，基本上把各种可能面对的情况都进行了分析，并且与滇西友军进行了联络沟通，制定出了相应的方案。这时，已经是十二月份了，朱永兴这才率领最后一批军队，返回安南。

现在滇南的明军中，汉族士兵约占一半，摆夷族（傣族）超过三分之一，其他的则是彝、苗、僮、瑶等少数民族。在西南，特别是云南，组成这样比例的军队，并不奇怪。晋王李定国东征时，其所率部队