自己的心腹将领，蒋介石待之甚厚，于是再次认命葛敬恩做参谋本部的参谋次长。到后来，国民政斧建立航空署，葛敬恩盯上了这个肥缺，亲自找到蒋介石疏通，蒋介石于是再次免去葛敬恩参谋次长的职务，改任航空署署长兼中央航校校长。可是，葛敬恩实在是不是当空军主官的料，把个航空署弄得一团糟，近一年半的时间碌碌无为。

赴欧洲考察空军回来的周至柔提出了许多建设姓的意见，深得蒋介石器重，于是任令周至柔为航空署署长，再次把葛敬恩召唤回来当全军参谋次长。

葛敬恩心里非常不痛快，以参谋部有职无权，压根儿就不到南京参谋本部就职，自己在中央航校所在的杭州西湖边，置宅乐居。

蒋介石爱之深，恨之切，大为不怿，当时适南昌机场发生大火，战机损毁甚多，中统报告蒋介石，葛敬恩闻南昌失火，甚为喜悦，说‘好得我早调开，否则责任要担在我的身上’。蒋介石听到葛敬恩幸灾乐祸，大怒，调阅葛敬恩经手的购买案卷，亲自细查，见移交账目内有回扣三万元移作公积金一项，说既然要回扣，可见货色之差，遂把葛敬恩和他的属下徐培根二人同时交军法司审办，像盗犯一般地关进陆军监狱。

时侍从室主任林蔚系葛敬恩旧同事，是葛敬恩向蒋介石引荐的，于是向各将领求救。何应钦、顾祝同等皆代为缓颊，蒋介石置之不理。军法司长王震南签呈说，回扣是外国买卖的例规，经手人原可分掉；今归入公积金，不惟无罪，而且有功。蒋介石勃然大怒，把军法司长王震南叫来骂了一顿，将签呈丢在地上。

林蔚等人缩手无策，密嘱时围攻中央苏区的第三纵队指挥官兼七十九师师长樊崧甫在南昌办事的处长吕焕光说：现委员长对樊崧甫将军作战得力甚是器重，樊崧甫如肯出头为葛敬恩说话，可能有效。你致电给樊崧甫洽商。吕焕光和葛敬恩有师生关系，当即电樊崧甫恳商。

樊崧甫